中共温州市国有资本投资运营有限公司委员会下设党总支1个(温州温鹿酒业有限公司党总支，党总支下设温州温鹿酒业有限公司第一党支部、温州温鹿酒业有限公司第二党支部)、直属党支部7个（机关第一党支部、机关第二党支部、温州国投建设有限公司党支部、温州市财开基金联合党支部、温州开发投资有限公司党支部、温州联合产权交易中心合署公司党支部、温州国投资源回收科技有限公司党支部）。公司党委现配备一位党委书记，六位党委委员。